我们在做动力学模拟的时候，经常发现蛋白质晶体结构中缺失loop，这是因为在蛋白质晶体结构解析的过程中，柔性较高的loop无法准确测定所导致的。下面我们将使用chimera+modeller来补缺丢失的残基。
软件：chimera，modeller最新版
材料：缺失loop区的蛋白质晶体结构，蛋白质完整序列（fasta格式）

方法：1.打开chimera，载入pdb文件，可以看到loop区结构缺失,红色标记部分。见下图

2.载入fasta序列，如下图所示。

3.点击序列界面中的structure，选择modeller（loop/refinement），按照下图所示的方法设置，然后点击apply。从设置好的生成路径中选择B99990001.pdb即可。

注：以上使用了web和local两种方法来补全残基，发现有差别，但整体差别可以忽略不计。其中，local可以在本地文件中直接找到，而web中的本地文件只是残缺部分。故推荐使用local法。除使用本方法外，还可以使用Schrodinger中的蛋白准备来补缺残基

本文参考借鉴了BioMS阿里原创教程“巧用chimera1.7进行晶体结构缺失部分的修补”。